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Microbiote et microbiome

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Nous sommes familiarisés avec le terme microbiote. Désormais nous sommes conscients que nos intestins sont notre second cerveau et qu'il sont le siège de notre immunité à travers la flore intestinale composée de bactéries dont l'équilibre ou le déséquilibre influence notre santé. 

Les bactéries, lorsqu'elles ont été découvertes furent diabolisées et cela influença dans le sens d'un hygiénisme abusif. En effet, certaines bactéries provoquent des affections plus ou moins graves, mais ce n'est pas en cherchant à les éradiquer que nous protégeons notre santé, au contraire, notre corps doit apprendre à les gérer et créer son immunité grâce à elles, elles ont un rôle à jouer. Il existe des bactéries qui nous veulent du bien, d’autres qui nous sont néfastes seulement si elles sont dominantes sur les autres et créent un déséquilibre. Il est impossible d’éradiquer toutes les bactéries, déjà nous avons besoin de certaines et elles sont partout et tout le temps. Même en cas de déséquilibre d'une flore (celle des intestins ou des muqueuses vaginales par exemple quand on change de partenaire ou si notre partenaire à plusieurs partenaires... ) pourtant, à l'occasion de ce déséquilibre va provoquer une affection chez certaines personnes à un moment donné et chez d'autres pas. Pourquoi ? Fragilisé à cet instant T ? Fatigue, stress, provoquant une immunité déficiente ? Changement de saison ?

 

Le déséquilibre est multifactoriel, mais ce qui est sure c'est que le PH interne tout comme le PH externe joue un rôle important dans le développement de certaines bactéries au détriment des autres et le terrain, acide ou basique permet ou non le développement des maladies ou dysfonctions de l'organisme. L'oligothérapie est basée sur le terrain, l'argent colloïdale ou bien l'administration de cuivre et d'argent dans les narines enraye un début de rhume ou bien or/cuivre/argent enrayera un début d'affection de la gorge. 

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"Le microbe n'est rien, le terrain est tout". 

Antoine Béchamp

 

Faire baisser l'acidité du corps
Réflexes à adopter pour réduire l'acidité du corps
L'acidose affaiblit le corps
Évitez les aliments industriels, soda et sucres rapides
Faites le plein de fibres (légumes crus et fruits frais)
Buvez surtout de l'eau, des infusions et suffisamment
Réduisez les farines blanches. 
Diminuez les protéines animales. 
Evitez la charcuterie
Pratiquez une activité physique ou arrangez vous pour plus actif que sédentaire
Veillez à entretenir un bon sommeil.

 

Les bactéries sont essentielles pour notre santé,

nos intestins ne sont pas les seuls à abriter une population

de micro-organismes, un microbiote. La peau constitue la première

ligne de défense de notre corps. Notamment par le biais de

colonies de bactéries qui y vivent, le microbiote cutané.

 

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Sur notre peau aussi pullulent quantité de bactéries. Elles sont généralement utiles à nous protéger d'une colonisation ou d'une infection par des microbes opportunistes et pathogènes. Les spécialistes parlent de microbiote cutané.

 

Les chercheurs ont voulu savoir si le fait de s’exposer dans l’eau de mer pouvait ou non avoir une incidence sur notre microbiome et si le contact avec l’océan, en modifiant ce microbiote pouvait augmenter notre risque d'infection telle qu'une maladie gastro-intestinale ou respiratoire, une otite ou bien sûr, une infection cutanée.

 

On sait que pour le microbiote intestinal, c'est le déséquilibre qui nous rend vulnérable, mais la majorité d'entre nous ne seront pas malades et nous sommes nombreux à nous baigner, même si l'eau de mer n'est pas aseptisée comme l'eau de la piscine, et que notre macrobiome est totalement chamboulé en dix minutes de nage dans l'eau de mer.

 

Le microbiome (du grec micro, « petit », et bios, « vie ») est l'« aire biotique » (aire de vie) du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois regroupées sous le terme « microflore », c'est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant.

Ce terme est introduit en 2001 par le généticien et microbiologiste américain Joshua Lederberg pour intégrer la notion d'une communauté écologique comprenant symbiotescommensaux et pathogènes partageant l'espace corporel humain, dans le but de reconnaître leur fonction de déterminants de la santé et de la maladie.

En anglais, le terme microbiome fait référence aux génomes (données génétiques) d'un microbiote. Cette définition ne semble cependant pas faire consensus parmi les auteurs français : d'après Pascale Cossart « on parle de "microbiote" pour désigner l'ensemble des espèces microbiennes présentes dans un environnement, et de "microbiome" quand il s'agit de l'ensemble des gènes présents dans ce microbiote ».

 

 

Pour arriver à la conclusion que nager dans l’océan modifie le microbiote de notre peau, des chercheurs ont analysé les microbiotes de quelques volontaires sur une plage.  Aucun de ces participants n’utilisait d’écran solaire, et aucun ne devait avoir nagé au cours des 12 dernières heures, ni avoir consommé d'antibiotique au cours des six derniers mois.   Les chercheurs ont dans un premier temps prélevé un échantillon de peau (à l’arrière du mollet) sur chaque participant, Avant de plonger dans l’eau, leurs microbiome apparaissaient assez différents les uns des autres. Ont a demandé aux sujets d’aller nager pendant 10 minutes. Une fois ceux-ci de retour, et secs, les chercheurs ont de nouveau prélevé des échantillons de peau, puis six heures et un jour plus tard. Après seulement dix minutes passées à nager dans l'océan, les microbiotes des participants à l'étude étaient devenus beaucoup plus similaires. 

Selon les travaux de chercheurs de l’université de Californie, se baigner dans l’océan, ne serait-ce que dix minutes, altère la composition de la flore bactérienne présente sur notre peau. © romaneau, Pixabay License 

Notez que ces changements n’ont été que temporaires. Tout est ensuite rentré dans l’ordre en 24 heures environ.

 

Des bactéries "potentiellement" pathogènes, c'est à dire pas forcément nuisibles !

« C'est comme si nager avait nettoyé la peau des  bactéries pour laisser place nette et permettre l'installation de bactéries venant de l'océan », a expliqué Marisa Chattman Nielsen, chercheur à l'université de Californie (États-Unis), lors de la conférence annuelle de la Société américaine de microbiologie.

Les chercheurs ont notamment détecté sur les peaux des nageurs, des bactéries du genre Vibrio, celui dont provient la bactérie responsable du choléra. Des bactéries toujours présentes, dans la plupart des cas, six heures après la sortie de l'eau. « Cela montre que des bactéries potentiellement pathogènes pourraient ainsi élire domicile sur nos peaux. Il y avait même dix fois plus de ces bactéries sur les peaux que dans nos échantillons d'eau », précise Marisa Chattman Nielsen. De quoi trahir, semble-t-il, une affinité spécifique entre ces bactéries et la peau.

Mais nous ne développerons pas forcément le choléra pour autant !

 

 Les résultats de cette étude ont été présentés dernièrement à la conférence annuelle de l’American Society for Microbiology.

Les chercheurs ont décelé la présence, sur les échantillons de peau, d’une bactérie commune appelée Vibrio. En très grande quantité. Si nous savons que la plupart des espèces de ce type de bactérie sont inoffensives, certaines peuvent en revanche entraîner le développement d’infections potentiellement dangereuses. En particulier chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli. «Bien que de nombreux Vibrio ne soient pas pathogènes, le fait que nous les ayons récupérés sur la peau après avoir nagé montre que certaines d’entre elles pourraient éventuellement persister sur la peau après la baignade», poursuit en effet la chercheuse.

 

Il est toujours préférable dans la mesure du possible, de prendre une bonne douche pour vous rincer. 

 

Source 10-minutes-en-mer-suffit-a-modifier-votre-microbiome

 

Bien sûr le contact avec l'eau n'est pas la seule source de perturbation du microbiote ou microbiome. En milieu hospitalier on parle de maladies nosocomiales tant le vivier qui y pullule est potentiellement dangereux en premier lieu pour les personnes qui sont déjà affaiblies car malades. Les enfants ne sont pas les bienvenus pour visiter les malades, non pas parce qu ils pourraient être malades eux aussi, mais parce qu'ils sont porteurs de "maladies potentielles" et si leur immunité les protège, ils peuvent contaminer des personne dont l'immunité est déficiente. 

Autre source de "contamination" potentielle et indirecte, par déséquilibre des flores, lorsque nous partageons l'intimité avec une personne, il se crée avec elle, au file du temps, une équilibre microbiotique particulier qui sera perturbé SI l'un des deux partenaires partage aussi une intimité avec un ou d'autres partenaires extérieures au couple. La polygamie prédispose donc aux maladies d'une certaine façon. La femme semble la plus fragile de prime abord et on sait que le cancer du col, conséquence du développement du papilloma virus, est la conséquence d'un déséquilibre de la flore vaginale, et souvent du fait de la polygamie. Une étude démontre que la corrélation existe entre développement du cancer de la prostate et nombre de partenaires... A méditer. 

 

Le microbiome (du grec micro, « petit », et bios, « vie ») est l'« aire biotique » (aire de vie) du microbiote, le mot microbiote désignant ici les espèces autrefois regroupées sous le terme « microflore », c'est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant1.

 

Ce terme est introduit en 2001 par le généticien et microbiologiste américain Joshua Lederberg pour intégrer la notion d'une communauté écologique comprenant symbiotes, commensaux et pathogènes partageant l'espace corporel humain, dans le but de reconnaître leur fonction de déterminants de la santé et de la maladie2.

 

En anglais, le terme microbiome fait référence aux génomes (données génétiques) d'un microbiote. Cette définition ne semble cependant pas faire consensus parmi les auteurs français : d'après Pascale Cossart « on parle de "microbiote" pour désigner l'ensemble des espèces microbiennes présentes dans un environnement, et de "microbiome" quand il s'agit de l'ensemble des gènes présents dans ce microbiote »3.

Le microbiome est l'expression des conditions écologiques de ces milieux (température, pH, teneurs hormonales, en graisses, en protéines, etc. exposition aux UV, absence de lumière, type de muqueuse, etc.), conditions auxquelles vont répondre les communautés microbiennes en cause, individuellement et/ou collectivement, et qu'elles peuvent modifier ou entretenir à court et moyens termes, mais aussi sur le long terme, c'est-à-dire celui de l'évolution, ou plus précisément de la coévolution du microbiote avec ses hôtes.

 

Ce concept embrasse les notions de communauté microbienne, de biodiversité microbienne (en nombre d'individus, les microbes sont les organismes les plus nombreux sur terre), d'écologie microbienne et d'interactions durables et fonctionnelles entre micro-organismes, entre eux et l'organisme, ou entre eux et différents organes (allant du simple commensalisme jusqu'à la symbiose, endo- ou ectosymbiose).

 

Ce concept a, de plus en plus, aussi des bases génétiques. Par extension, le microbiome peut aussi désigner la somme des génomes des micro-organismes vivant dans ou sur un organisme animal ou végétal (hors état pathologique). Un séquençage collectif de ces organismes est possible (métagénomique), applicable à un écosystème complet.

 

Ce concept est issu du concept de commensalisme théorisé par Pierre-Joseph van Beneden durant la seconde moitié du dix-neuvième siècle.

 

Le mycobiome est la partie du microbiome qui ne concerne que les microchampignons, on parle par exemple de mycobiome humain, de mycobiome intestinal (qui pourrait jouer un rôle dans la maladie de Crohn) ou du mycobiome pulmonaire. Il joue un rôle majeur chez de nombreuses plantes.

 

 
La muqueuse de l'estomac (ici vue en coupe, au microscope)
abrite certains micro-organismes, en dépit de l'extrême acidité du milieu stomacal.
L'une de ces espèces (Helicobacter pylori) joue un rôle dans l'ulcère gastro-duodénal.

wikipedia

 

 Le microbiote cutané

 

Le microbiote cutané est la partie externe du microbiote de l'organisme humain. Il est bien souvent caractérisé de « second génome » car les micro-organismes le composant dépassent bien largement l'hôte en masse génomique. Il est aussi souvent appelé « flore cutanée ».

La peau d’un adulte héberge en moyenne 1000 milliards de bactéries, et 1000 espèces de champignons, virus et arthropodes. Ce microbiote vit sur la surface et dans les couches superficielles de l’épiderme pour réaliser ainsi un écosystème complexe dont la caractérisation repose sur la culture de prélèvements à la surface de la peau ou des biopsies.

La composition du microbiote cutané résulte d’un équilibre entre les conditions locales et les propriétés métaboliques de ses micro-organismes.

D’une part, ces derniers s’alimentent des lipides, protéines, et autres composés excrétés par la peau elle-même, y compris les sécrétions des glandes sébacées. Résident ou transitaire, le microbiote de la peau varie de manière quantitative et qualitative d’une personne à l’autre selon l’âge, le sexe, le siège, le système immunitaire et certains facteurs physicochimiques tels que l’humidité, le pH et la température.

 

 

La flore cutanée résidente

 

La flore résidente est constituée de germes commensaux, qui colonisent l'organisme sans provoquer de maladie. La composition et la repartition de cette flore est relativement stable. Elle est capable de s'autorestaurer spontanément après une perturbation. Elle joue notamment un rôle important dans la résistance à la colonisation par d'autres micro-organismes potentiellement pathogènes. Cette flore résidente est dominée par les espèces Gram + avec deux familles principales : les staphylocoques et les bactéries coryneformes aérobies (Corynebacterium spp.) et anaérobies (Propionibacterium spp.).

Les staphylocoques à coagulase négative représentent les espèces les plus fréquemment trouvées dans la flore cutanée normale, trois espèces prédominent : -S. epidermidis que l'on peut isoler sur l'ensemble du territoire cutané, il constitue plus de 90% de la flore résident aérobie présente sur le stratum corneum. -S. hominis qui est isolé fréquemment du creux axillaire, du creux inguinal et périnée ; -S. haemolyticus qui est surtout rencontré au niveau des bras, des jambes et des espaces interdigitaux. Les organismes corynebactériformes comportent des corynebactéries et des bactéries du genre Brevibacterium, des propionibactéries, et de microcoques. Les seules bactéries Gram négatif résidentes de la peau font partie du genre Acinetobacter. D'autres germes sont également associés à cette flore : des levures lipophiles du genre Malassezia, qui est l'espère fongique la plus retrouvée sur la peau en particulier au niveau des zones sébacées (tronc, dos, visage et cuir chevelu) en raison de la présence de lipides nécessaires à sa survie. Mais aussi des parasites de la famille des acariens tels les Demodex (Acariens) qui 13 se nourrissent de résidus de peau et de sébum, et probablement certains virus (notamment de la famille des papillomavirus).

 

 

La flore cutanée transitaire

 

 

La flore transitaire est composée de champignons, virus et bactéries pour la plupart saprophytes. Ce sont des germes inoffensifs qui se nourrissent de matières organiques en décomposition provenant de l'environnement.  Cette flore peut aussi être constituée de bactéries pathogènes opportunistes pouvant entraîner une maladie si les défenses de l’hôte viennent à défaillir. Ces germes peuvent contaminer temporairement la peau ou s'installer plus durablement dans des localisations propices par des conditions favroables d'humidité, de pH ou en cas d'effraction de la barrière épidermique. Cette flore ne s'établit pas de façon permanente à la surface de la peau, elle varie au cours de la journée et dépend des activités réalisées et des variations des conditions environnantes. Elle peut néanmoins persister des heures voire des jours. Les espèces transitaires les plus communes sont Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa et des espèces de Bacillus.

Source PDF

 


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26/06/2019
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