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Source (Le parisien)

Des chercheurs chinois suggéraient que le virus a muté, dans une étude alarmante publiée une étude le 29 février dans la National Science Review. Le chercher Jian Liu et son équipe de l'Université de Pékin, et ses confrères évoquaient une mutation en deux souches différentes, l'une nommée « S », et l'autre « L », plus agressive.

La souche L ayant muté à partir de la souche S et qui serait plus « agressive » puisqu'elle serait responsable de 70% des cas déclarés, contre 30% pour le type S.

« L'intervention humaine pourrait avoir mis sous pression le groupe L qui serait donc devenu plus agressif et se répandrait plus rapidement », estimaient l'équipe.

Aussitôt cette info de mauvais augure a fait le tour du monde, tant la peur fait vendre,  alors que cette annonce a été très sérieusement remise en question, et par les auteurs de l'étude en premier lieu.

Les supports de l'information génétique des virus se divisent en deux groupes, les virus à ARN (acide ribonucléique) qui mutent régulièrement, comme la grippe, Ebola ou le SARS-CoV-2, et les virus à ADN (acide désoxyribonucléique) qui mutent moins facilement, comme l'herpès. « Les virus les plus anciens sont restés avec un support génétique ARN, ce qui leur confère des avantages, comme un taux de mutation élevé et une infection rapide des cellules » qui empêche le système immunitaire de l'hôte de s'adapter, explique Étienne Simon-Loriere.

Pour se démultiplier, le virus va s'attacher à une cellule, puis la pénétrer et lui transmettre son génome, c'est-à-dire l'ensemble des gênes qui le constituent. Lors de ce processus, qu'on appelle réplication, le virus réalise des dizaines de milliers de copies de son génome, et parfois avec des erreurs : « La plupart du temps, c'est sans conséquence et cela nous permet de le suivre à la trace », rappelle le chercheur.

Le fléau que nous subissons fait très peur et quand il est question de virus, le mot "mutation" lui-même est vecteur de PEUR. On imagine toujours des mutations toujours plus dangereuse, en oubliant un principe crucial ! Un virus est un organisme dont la survie dépend d'autres organisme ! Son intérêt n'est pas de tuer son hôte. Quant mutation adaptative il y a, il est préférable qu'elle permette par exemple, de favoriser la contagion, plutôt que d'être fatale à son hôte. Et d'ailleurs le plus souvent, les mutations sont dites « silencieuses », toutes les mutations, aussi nombreuses soient-elles, n'aboutissent que très rarement à un changement de phénotype et de fonction virale.

On estime aujourd'hui que le génome du virus est encore similaire à celui apparu à Wuhan à 99,9999%, alors pas de panique.

Dans le cas où les mutations ne seraient pas "silencieuses", les deux possibilités principales sont soit l'augmentation de la contagiosité, soit une réduction de la virulence – moins le virus est mortel, plus il peut se transmettre, plus il est pérenne et donc la sélection naturelle va la plupart du temps dans le sens d'une atténuation, plutôt que dans le sens d'une augmentation de la létalité.

Le SARS-CoV-2 peut aussi, en perdant de sa virulence, finir par se comporter comme ses autres cousins coronavirus, ceux qui sont responsable de nos rhumes saisonniers (OC43, ou 229E) devenant ainsi totalement anodin et finir par ne plus nécessiter de vaccin.  

D'autre part, si ce virus progresse rapidement c'est qu'il est nouveau chez l'homme et la majorité des humains n'a pas encore développer d'anticorps massivement. Nous allons développer naturellement des anticorps.  

Autre possibilité, le SARS-CoV-2 reste suffisamment stable pour ne nécessiter qu'un seul vaccin universel. 

Ou encore, il est un peu moins stable pour ressembler à la grippe et nécessiter un vaccin annuel (réadapté chaque année). 

Il va falloir attendre l'approfondissement des études complémentaires – et notamment ceux d'Anne Goffard qui a déposé une demande de financement pour séquencer les isolats qui circulent en France et tâcher de retracer précisément l'évolution du virus depuis son apparition en Chine au mois de décembre dernier jusqu'à aujourd'hui. 

Nicolas Martin et l’équipe de La Méthode scientifique (France Culture)

Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN 

Une différence majeur entre un virus à ARN et un virus à ADN, c'est que le virus à ARN mutent beaucoup plus facilement, et plus rapidement, que les virus à ADN.

Le SARS-cov-2 compte 29 903 bases contenant 15 gènes. Virus à ARN, cela signifie que que pour se répliquer, il pénètre une cellule, copie avec ses propres outils son ARN et recrée des virions par centaines de milliers de copies, qui vont ensuite être à nouveau relâchés dans l'organisme et ainsi de suite.

Le chercheur Etienne Simon-Loriere rassure, rien ne permet d'affirmer que le coronavirus a muté de façon significative.

D'autre part, le professeur Jérôme Salomon, directeur général de la santé, a estimé jeudi que le virus n'était pas l'objet d'une mutation mais d'une « évolution ». 

Et selon Anne Goffard, virologue, chercheuse et médecin au CHU de Lille, le virus mute ainsi 100 000 à un million de fois par cycle viral, soit environ toutes les six heures. 

Il faut préciser que ces erreurs, courantes dans les réplications génétiques, sont pour la plupart corrigées dans le cas de l'ADN, par des mécaniques de réparation qui assurent une meilleure stabilité du génome. Or, les virus à ARN ne possèdent a priori pas ce type d'outil, ou des outils beaucoup moins efficaces que ceux de nos cellules... d'où le taux plus important de mutations.

Par ailleurs, ces mutations virales ont le plus souvent peu de conséquences, ou bien des conséquences négatives pour le virus lui-même, le rendant, la plupart du temps inopérant, compte tenu de son faible nombre de gènes. Il suffit qu'un soit modifié pour que toute la mécanique virale s'enraye.

 A chaque réplication d'un virus à ARN, des acides nucléiques sont mal copiés.

Les quatre bases de l'ARN sont A G C U (le U remplace le T de l'ADN).

En faisant des centaines de milliers de copies, statistiquement, il y a très souvent des erreurs : une lettre saute, est remplacée par une autre.

Que sait-on aujourd'hui du parcours phylogénétique du SARS-CoV-2 ?

Les chercheurs estiment que le virus évolue peu et que de toutes ces mutations cycliques, seules 2 en moyenne seraient sélectionnées chaque mois et affecteraient une partie du génome suffisamment importante pour être à l'origine de nouvelles souches – il faudrait plutôt parler d'isolats – mais sans que cela ne change rien à sa virulence (le terme d’"agressivité" est très largement anthropomorphique), ou à sa contagiosité.  

On peut ainsi retracer le parcours du virus depuis ses origines à Wuhan, et la façon dont ces différentes mutations anodines ont infecté différents clusters, ce que font les chercheurs en temps réel sur le site Next Strain.

Source (Le parisien)

et France Culture Nicolas Martin et l’équipe de La Méthode scientifique 

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